Duik in een nieuw avontuur met Mario en zijn nieuwe vriend Cappy. Ook dit keer is Princess Peach ontvoerd door Bowser. Hij is van plan om zelf met Peach in het huwelijksbootje te stappen terwijl zij dit helemaal niet ziet zitten. Samen met Cappy reis je door verschillende werelden, zoals een prehistorisch land en een ijswereld gevuld met pinguins.

Cappy is niet alleen een kameraad, maar hij geeft Mario ook nieuwe vaardigheden. Mario kan namelijk Cappy gooien naar bepaalde voorwerpen of dieren en deze volledig overnemen. Zie je bijvoorbeeld een dinosaurus lopen, dan neem je deze over om flinke schade aanrichten in het level. Red jij Princess Peach uit de klauwen van Bowser voordat het te laat is? Je speelt deze game met maximaal 2 spelers.